En 1837, el predio delimitado por las actuales calles San José, Florida y Ciudadela era propiedad de Atanasio Aguirre. En 1873, un financista porteño de ascendencia gallega llamado Francisco Candelario Estéves, lo compró y encomendó al Capitán de Ingenieros Eduard Manuel de Castel, la construcción de un palacete con un mirador en la azotea, desde donde se pudiera divisar el panorama hasta el puerto.
La construcción finalizó en mayo de 1874, resultando una casona cuyo estilo combina lo dórico con lo colonial, en la que Estéves se instaló con su esposa Matilde Nin Reyes en el segundo piso, mientras que se destinó la parte que daba a la calle Ciudadela en alquiler al Consulado de Italia y la planta baja se alquiló para el establecimiento de varios comercios.
En 1878, tras la quiebra del comerciante Estéves, la casona pasó a manos del Banco de Londres y Río de la Plata, el cual la vendió al Estado por un valor de $130.000. Eran tiempos de la Presidencia de Lorenzo Latorre, quien destinó esta casa como sede de gobierno.
La casona pasó por un período de refacción, a cargo del ingeniero Alberto Capurro, manteniendo el pórtico columnado al frente -de acuerdo a la legislación edilicia relativa al entorno de la plaza- y agregó el frontón triangular con el Escudo Nacional. Además, se remodeló el balcón principal, se amplió el acceso y las escaleras, se ensancharon salones y se eliminaron los miradores existentes.
La obra fue inaugurada el 25 de mayo de 1880 por el entonces Presidente de la República, Francisco Antonino Vidal, en ocasión de la llegada a Montevideo de los restos del libertador argentino General José de San Martín.
Desde ese momento y hasta el año 1985, el Palacio Estéves funcionó como la sede del Poder Ejecutivo. En la década del cincuenta se realizaron otras reformas a raíz de la nueva Constitución que establecía un Ejecutivo Colegiado.
A partir de 1985, el Presidente Julio María Sanguinetti trasladó la mayoría de las oficinas administrativas de la Presidencia al Edificio Libertad (el cual había sido construido en la época de la dictadura militar como sede del Ministerio de Defensa). Desde ese momento, el Palacio Estéves comenzó a llamarse Edificio Independencia y su función se reservó para desarrollar actividades protocolares y museísticas.
Entre los años 1987 y 1989 fue objeto de la importante intervención a cargo del arquitecto Enrique Benech y del artista Manuel Espínola Gómez, en una obra ejecutada por el Ministerio de Transporte y Obras Públicas, bajo la dirección del arquitecto Nelson Colet.
Desde 1999 también es sede del Museo de la Casa de Gobierno, designando a una Comisión Asesora para su creación, la cual estuvo integrada por los arquitectos Enrique Benech, Ángel Ayestarán y Fernando Rodríguez Sanguinetti, siendo este último el director del Museo.
En 2009, a través del Decreto de Presidencia de la República del 14 de octubre de 2009, el Edificio Independencia adoptó el nombre “Edificio José Artigas” en un homenaje al prócer nacional.
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